وفقا لكليفلاند كلينيك، فعندما يتناول المصابون بالسيلياك الأطعمة التي تحتوي على الغلوتين، فإن أجهزتهم المناعية تهاجم بطانة الأمعاء، مما يتسبب في حدوث التهاب (تورم) في الأمعاء وإتلاف للزغابات (villi)، وهي الهياكل الشبيهة بالشعر الموجودة على بطانة الأمعاء الدقيقة
تمتص الزغابات العناصر الغذائية من الطعام. وفي حال تلفها، فإن المصاب لا يستطيع امتصاص العناصر الغذائية، وينتهي به الأمر إلى سوء التغذية، بغض النظر عن مقدار ما يأكله.